特性：本身無熒光，進入活細胞后，被細胞內的酯酶水解生成有綠色熒光的 Calcein，可對活細胞進行標記，激發波長為 495nm，發射波長為 515nm。

優點：細胞毒性低，能快速進入細胞，染色效果穩定，可用于長時間觀察細胞。

應用：常用于細胞活性檢測、細胞追蹤以及細胞內鈣離子濃度變化的研究等。

特性：一種核酸染料，不能透過活細胞的細胞膜，但可進入死細胞，與雙鏈 DNA 結合后，在 488nm 激光激發下發出紅色熒光，發射波長為 617nm。

優點：與 DNA 結合特異性高，熒光強度高，可用于區分活細胞和死細胞。

應用：常用于細胞凋亡、細胞周期分析以及死活細胞鑒別等實驗。常與其他活細胞熒光染料如 Calcein - AM 等聯合使用，通過不同顏色熒光區分活細胞和死細胞。

特性：可穿透細胞膜，與 DNA 特異性結合，在紫外光激發下發出藍色熒光。其中，Hoechst 33342 染色效果較好且細胞毒性相對較低，激發波長為 350nm，發射波長為 461nm。

優點：能對活細胞和固定細胞進行染色，可用于觀察細胞核形態和細胞周期分布。

應用：常用于細胞凋亡檢測、染色體分析以及細胞定位研究等。

特性：一種堿性熒光染料，可透過細胞膜進入細胞，與細胞內的 DNA 和 RNA 結合。在不同的酸堿度環境下，AO 與 DNA 和 RNA 結合后發出不同顏色的熒光。在 pH 7.4 的環境中，AO 與雙鏈 DNA 結合發出綠色熒光，與單鏈 RNA 結合發出紅色熒光，激發波長為 488nm，發射波長分別為 530nm（綠色）和 640nm（紅色）。

優點：能同時對細胞中的 DNA 和 RNA 進行染色，通過觀察不同顏色的熒光，可了解細胞內核酸的分布和狀態。

應用：常用于細胞凋亡檢測、細胞自噬研究以及區分正常細胞和腫瘤細胞等。在細胞凋亡過程中，細胞核內的 DNA 會發生斷裂，由雙鏈變為單鏈，吖啶橙染色后可觀察到細胞核由綠色熒光變為紅色熒光。