濕度控制：環境濕度對凝膠聚合有潛在影響，在高濕度環境下，凝膠表面易吸收水分，導致凝膠邊緣出現模糊、不規則現象，影響電泳結果。建議在相對濕度 40%-60% 的環境中進行凝膠制備，若實驗室濕度較高，可使用除濕設備調節。

氣流影響：制備凝膠時應避免在通風櫥強氣流下或風扇直吹的環境中操作，強氣流會加速凝膠溶液表面水分蒸發，造成凝膠表面干裂，還可能使凝膠溶液產生波動引入氣泡，影響凝膠均一性。

電泳槽定期維護：電泳槽使用后，需清洗殘留的緩沖液和凝膠碎屑。長期不清理，殘留物質會附著在電泳槽內壁，影響后續凝膠灌注的平滑度，甚至可能與凝膠發生反應，導致條帶異常。清洗時可用溫和的去污劑浸泡，再用大量蒸餾水沖洗干凈，晾干備用。

移液槍校準與清潔：定期對移液槍進行校準，確保量取試劑體積準確。同時，每次使用后及時清理移液槍槍頭殘留試劑，避免干涸堵塞，若移液槍不慎接觸污染試劑，需拆卸進行深度清潔，防止交叉污染影響凝膠制備。

觀察試劑顏色變化：部分試劑盒中的預混試劑可能含有顯色劑，用于指示試劑是否變質或成分是否正常。使用前觀察試劑顏色，若與標準顏色存在明顯差異，如褪色、變色等，可能表明試劑失效，應謹慎使用。

利用試劑密度差異：在灌注凝膠時，若凝膠溶液與電泳槽壁之間存在小氣泡難以去除，可利用溶液密度差異。用微量移液器吸取少量密度稍大的甘油溶液，沿氣泡邊緣緩慢注入，甘油會將氣泡擠出，且甘油對凝膠聚合和電泳過程無明顯不良影響。