優點：作為經典的核酸染料，EB 具有出色的染色靈敏度，能與 DNA 和 RNA 緊密結合，哪怕是極微量的核酸也能被清晰染色，適用于對靈敏度要求核酸檢測場景。同時，EB 與核酸結合后，在紫外光激發下可產生強熒光信號，使核酸條帶在凝膠成像中清晰可見，便于觀察和分析 。此外，EB 的價格相對較低，在大規模核酸檢測實驗中，使用成本優勢明顯，適合預算有限且對安全性要求不苛刻的實驗室基礎研究 。

缺點：EB 是一種強誘變劑，具有高致癌性，可嵌入 DNA 堿基對之間，干擾 DNA 復制和轉錄，對實驗人員的健康構成嚴重威脅，長期接觸易引發基因突變和癌癥 。而且，EB 具有高毒性，進入環境后難以降解，會對生態系統造成持久危害，需特殊處理廢棄物 。另外，EB 染色后背景熒光較高，會影響核酸條帶分辨率，尤其是在檢測小分子核酸或低濃度核酸時，易導致條帶模糊、難以準確分析 。

優點：SafeGreen 分子量較大，無法穿透細胞膜，低細胞毒性和低致突變性使其對實驗人員和環境更友好，尤其適用于細胞培養等對生物安全性要求高的實驗 。在瓊脂糖凝膠電泳中，無論是低濃度還是高濃度核酸樣品，SafeGreen 都能清晰顯示條帶，靈敏度與傳統高靈敏度染料相當，可滿足 PCR 產物鑒定等多種實驗需求 。同時，SafeGreen 與常用電泳緩沖溶液兼容性良好，對溫度、pH 值等環境因素變化有一定耐受性，熒光信號穩定，不易淬滅，能保證實驗結果的準確性和可重復性 。此外，采用膠染法染色時，SafeGreen 不會影響 DNA 條帶遷移，也無條帶扭曲現象，還可被藍光和紫外光激發，適配不同成像設備，應用靈活 。

缺點：由于在研發和生產過程中對安全性和性能要求高，SafeGreen 的成本和市場價格相對較高，對于樣本量大、預算有限的實驗室，使用成本是較大負擔 。在某些檢測條件下，與部分超敏型核酸染料相比，SafeGreen 的熒光強度可能不足，對于含量極低且缺乏信號放大手段的核酸樣本檢測，可能無法提供足夠強的熒光信號 。采用泡染法時，SafeGreen 染色時間相對較長，通常需振蕩孵育 30 - 60 分鐘，不適用于追求快速出結果的實驗場景 。