凝膠完整性：實驗結束后，首先觀察凝膠是否完整，有無破損、斷裂或脫落現象。若凝膠存在明顯破損，可能導致蛋白質樣品在電泳過程中泄漏或遷移路徑改變，使結果無法準確反映樣品真實情況，此時實驗結果可信度低，需重新實驗。

凝膠透明度：正常情況下，凝膠應具有良好的透明度，便于觀察條帶。若凝膠出現渾濁、發白等情況，可能是凝膠制備過程中存在問題，如試劑不純、聚合不充分等，這會影響條帶清晰度，導致難以準確分析蛋白質分離情況。

溴酚藍位置：溴酚藍作為常用指示劑，其遷移位置可作為判斷電泳進程的參考。在常規 SDS-PAGE 電泳中，溴酚藍在不同濃度凝膠中的遷移速度有一定規律，例如在 10% - 12% 的聚丙烯酰胺凝膠中，其遷移位置大致相當于 3 - 5 kDa 的蛋白質。若溴酚藍遷移至凝膠底部或異常位置，需結合具體情況分析。若過早到達底部，可能是電泳時間過長或電壓過高，導致小分子蛋白質可能跑出凝膠，影響結果完整性；若遷移過慢，則可能是電壓過低或凝膠濃度異常。

條帶清晰度：清晰、銳利的蛋白質條帶是實驗成功的重要標志。若條帶模糊、彌散，可能是由于樣品濃度過高，導致蛋白質在凝膠中堆積，無法有效分離；也可能是電泳緩沖液使用不當、凝膠聚合不均勻或電泳過程中溫度過高等原因。此外，樣品中存在雜質、蛋白質降解等情況，也會造成條帶不清晰。

條帶數量與位置：根據實驗目的和樣品預期，判斷條帶數量和位置是否合理。對于已知成分的樣品，若條帶數量缺失，可能是某些蛋白質未被有效分離或在樣品處理過程中丟失；若出現額外條帶，可能是樣品污染、蛋白質發生修飾或降解產生新的片段。通過與標準蛋白質分子量 Marker 對比條帶位置，可估算目標蛋白質的分子量，若估算值與預期值偏差較大，需檢查實驗過程是否存在問題。

條帶強度：條帶的強度（顏色深淺）在一定程度上反映了蛋白質的含量。同一樣品不同泳道中，若條帶強度差異明顯，可能是上樣量不一致導致；對于不同樣品的條帶，強度對比可初步反映蛋白質表達量的差異，但需注意，條帶強度還受染色效果、曝光時間等因素影響，因此如需準確分析蛋白質含量，還需結合定量方法進一步驗證。

標準蛋白質分子量 Marker：實驗中通常會加入標準蛋白質分子量 Marker 作為參照，其包含一系列已知分子量的蛋白質條帶。通過將樣品條帶與 Marker 條帶對比，可準確判斷樣品中蛋白質的分子量范圍，評估電泳分離效果。若 Marker 條帶分離異常，如條帶扭曲、重疊，可能是凝膠質量問題或電泳條件不合適，此時基于 Marker 得出的樣品分子量判斷也會不準確。

陽性與陰性對照：在設計實驗時，設置陽性和陰性對照有助于判斷實驗結果的可靠性。陽性對照應出現預期的蛋白質條帶，若未出現，則可能是實驗操作過程存在問題，如樣品處理不當、電泳條件不合適等；陰性對照應無目標條帶，若出現條帶，則提示可能存在樣品污染或非特異性反應，需要對實驗過程進行排查和優化。