成本可控性高：傳統方法中，科研人員可自行采購聚丙烯酰胺、交聯劑、緩沖試劑等基礎材料配制凝膠。通過批量購買原料，可大幅降低單次實驗成本。在處理長期、大規模的常規實驗項目時，傳統方法的成本優勢更為明顯。此外，對于一些預算有限的實驗室，使用傳統方法能夠在保證實驗質量的前提下，合理控制經費支出。

實驗靈活性強：傳統 SDS-PAGE 凝膠制備允許科研人員根據具體實驗需求，精確調整凝膠濃度、緩沖液成分、pH 值等參數。在分離特定分子量范圍的蛋白質時，科研人員可針對性地配制合適濃度的凝膠，以獲得最佳分離效果；還可在緩沖液中添加特殊成分，研究蛋白質在不同環境下的分離特性，滿足創新性實驗的需求。

特殊實驗適用性廣：在檢測低豐度蛋白質時，傳統染色方法如銀染具有的靈敏度，能夠檢測到含量極少的蛋白質，這是一步法免染技術難以企及的。對于需要進行質譜分析的實驗，傳統的考馬斯亮藍染色在脫色后對蛋白質的干擾較小，不會影響質譜鑒定的準確性；而免染試劑盒中的染料可能會與蛋白質緊密結合，干擾質譜分析。此外，在進行蛋白質活性分析等對蛋白質完整性要求高的實驗時，傳統方法可通過選擇合適的染色和脫色條件，保留蛋白質活性，具有更強的適用性。

試劑保存更方便：傳統方法中使用的基礎試劑，如聚丙烯酰胺、Tris 等，在正確儲存條件下保質期較長，對儲存環境的要求相對寬松。即使在實驗室儲存條件有限的情況下，也能較好地保存試劑，減少因試劑過期或儲存不當導致的浪費和實驗失敗風險。